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手把手教你用软件便捷地数细胞|实验时间

| 2019-09-05



统计图,和科研领域里的大多数图像数据伴生,是一种大家喜闻乐见的,直观表现数据结果的形式。周围的 Lab 不管是做免疫,还是发育,或者肿瘤,都涉及到要做免疫荧光(Immunofluorescence, IF)或者免疫组化(Immunohistochemistry, IHC),而在拍完了图之后,直接给老板 show 漂亮的 images 时并不能让 TA 百分百满意,总是想要一个 bar 图,那就需要统计了。


而手动点数细胞太费时,所以向大家介绍一个有用的软件 IMARIS,可以自动数细胞。

Imaris 使用起来轻松快捷,显示信息也很全面:区域内细胞总数 A,单个通道在 A 里的数量,某个特定区域细胞数,单个细胞的直径,大小,坐标等等。而这还只是此软件最最基础的功能,一起先来看看吧。

1. 打开软件,可以看见如下界面,第一行的标题栏有 Slice,Surpass,Animation 等,Slice/Surpass 可以用来在打开的 images 上操作,Animation 可以将连续的 images 做成 moive。

2. 打开一张图片,界面就自动变成如下。如浮动窗口 Display Adjustment(可以在 Edit 里勾选 Show Display Adjustment,即显示这个节目),这个可以调节不同荧光通道的强弱。


3. 开始数细胞,比如我想要数 DAPI 通道里的细胞个数(即 total 细胞数目),点击 Plot(紫红色圈所示的 button)。 

开始操作点击。

右下角的右进键(紫色箭头所指)。

进入 2/3 source channel 界面,选 DAPI 通道,填写 Estimate Diameter,(一般软件自动估测的数字比较准可以不改动,万一想要最最准确,可以利用 Slice 界面,在此界面鼠标单击可以显示细胞直径,取三个细胞求平均),继续点右进键,即进入 3/3 source channel 界面,细胞即自动数完了。


4. 点击双进键,填充色自动变成通道的伪色,即完全完成。可以在「折线」图标栏目下看见有光这个技术的各种参数:细胞总数,单个细胞的大小,直径,位置坐标等等。


注:Double check 下明场和 DAPI, 发现数的还是特别准确的 (白色小方块所示,mark 的图标外观可以改为 sphere,大小可以任意调)。如果觉得不是 100% 准确,可以按住 Shift,鼠标左键点选更改 individual 的 target。

5. 如果我还想要进一步指导 DAPI+ 里 488+ 的比例是多是,可以进一步操作 filter 界面(图标是漏斗),点击 Filter 图标,点 Add,并点选 Filter type:


哦哦,显然它只选了三个最绿的细胞,如黄色方块所示,如果只想计数强信号的细胞,那就如此变好,点击 Duplicate selection to new spots,即得到只计数这三个细胞的新界面。


如果要记所有绿色的细胞则在这个强黄色区域(用 red box 标记的)用鼠标左键拉动,拉的时候会出现一个十字,边拉边看右边的 image,到自己认为可取的位置,如下便好。 


6. 看,已经数完了。28 个。可以记下数字即可,也可以 Duplicate 这个 plot,比如我还要数绿色细胞里多少是 647 通道阳性的,以此类推之。简直太方便了有木有。

软件来源:如果有的学校已经购买了整套的完整版软件可以去使用(完整版的功能炫酷滴很!),有的贴吧也会 nice 地提供基础版的下载包,也可以在万能的某宝上买,十几块钱享用终身。不管你是否跃跃欲试,我是已经试过了。

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